ad2组合最新消息(请教达人..关于Sabian和知音镲片
请教达人关于Sabian和知音镲片的选择问题
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蔡依林和陶吉吉的《今天你要嫁给我》MV初幕电脑提示音之谜
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接下来,让我们转向另一话题——单细胞T细胞受体(TCR)测序:技术与挑战。这是一项人体免疫系统的前沿技术。T细胞,作为我们免疫系统的重要一环,能够识别自体以及外来抗原。这一独特能力归功于其在胸腺发育过程中的复杂分子机制,该机制造就了表面抗原受体——即T细胞受体(TCRs)的多样性。
TCRs是T细胞的分子标记,具有细胞特异性。在淋巴恶性肿瘤、感染性疾病、自身免疫性疾病和肿瘤免疫学等多种背景下,TCRs为我们提供了监测T细胞克隆类型和多样性的重要工具。这篇综述将带你了解从基于V段识别的先锋技术,到下一代测序的革命性进展。单细胞测序方法允许我们对alpha链和beta链进行高通量测序,并对成对的alpha和beta链进行排序。
通过整合TCR跟踪和mRNA单细胞测序的新方法,我们能够将抗原特异性与转录动力学联系起来,深入了解T细胞可塑性的分子机制。这一研究领域充满了挑战与机遇,为未来的医学研究和治疗提供了新的方向。
在人类身体中,T细胞由造血组织的祖细胞在胸腺中发育而来。在发育过程中,它们获得了识别外来抗原的能力,为人体提供对抗多种病原体的保护。其中,αβ T细胞占据了超过90%的总T细胞群,并表现出极高的多样性。而TCR作为αβ T细胞的关键组成部分,为我们揭示了免疫系统的工作机制。
编码alpha (TCRA)和beta (TCRB)链的基因由多个不相邻的基因片段组成,这些片段在T细胞的发育过程中发挥着重要作用。对TCR的研究不仅揭示了免疫系统的奥秘,也为未来的医学研究和治疗提供了新方向。
以上就是关于《今天你要嫁给我》MV的电脑提示音和单细胞T细胞受体测序的介绍。希望这篇文章能够带你领略音乐的魅力,同时了解前沿科学的奥秘。T细胞库的绚烂多彩之源:基因组合的奇迹与动态免疫响应
生命的奇迹往往隐藏在微小的基因组合之中。T细胞库的巨大多样性,正是源于生殖系基因片段的随机组合与已连接片段在连接位点的随机添加或删除。这一奇妙的组合游戏,我们可以称之为“组合多样性”与“连接多样性”。
深入剖析这一机制,我们发现Alpha和Beta链在体细胞上的V(D)J排列,如同舞台上的舞者,按照特定的剧本进行排列组合。抗原库多样性的保证,就在于T细胞受体(TCR)的β链与α链的V、D和J段的重组步骤。这一过程仿佛是生命的交响乐,不断地重新排列、调整,赋予T细胞库丰富的多样性。
进一步,TCR由两个亚基组成:TCR Alpha 和TCR Beta。每个亚基都有一个恒定区域和一个负责抗原识别的可变区域。由V(D)J结编码的序列,被称为互补决定区域3或CDR3。这一序列在alpha链和beta链中展现了极高的可变性,决定了T细胞识别MHC分子所呈现的抗原肽的能力。
随后的异二聚体配对过程,进一步增加了组合的复杂性,使得可能的组合总数超过了惊人的10e18。这是一个巨大的数字,也是生命的奇迹。T细胞库是动态的,它直接反映了免疫反应的多样性。当抗原呈递给一个幼稚的T细胞时,它会迅速克隆扩增,产生一批“效应细胞”。而当抗原被清除后,这些细胞作为“记忆细胞”留在血液中,数量逐渐减少。
对于这一复杂的机制,科学家们不断,采用多种方法T细胞库。从开创性的流式细胞术实验到基因组测序技术,再到多重PCR策略、RNA诱饵富集和基于转录本的方法等,每一步都是对生命奥秘的深入。每一种方法都有其独特的优点和局限性,但都在为我们揭示生命的奇妙机制提供了宝贵的线索。随着技术的不断进步,我们有理由相信,未来的研究将为我们揭示更多关于T细胞库乃至生命本身的奥秘。首次揭示革命性TCR库分析手段,生动描绘健康与疾病下的细胞免疫图谱
这一全新的TCR库分析方法,首次被应用于描述健康个体的免疫细胞受体库多样性,其灵活性和适应性使其成为肿瘤免疫、自体免疫研究以及造血细胞移植监测等领域的得力工具。其中,beta链因其高多样性和巨大的组合潜力,成为TCR研究的核心焦点。
在人体免疫系统中,T细胞的一个独特之处在于其表面所携带的T细胞受体(TCR)。每个T细胞都具有独特的TCR组合,这些组合数量极其庞大且复杂。特别是在beta链的研究中,由于其较高的多样性,更显得其在TCR研究中的重要性。在T细胞发育过程中,一个被称为“等位基因排斥”的现象导致每个T细胞只表达一个有效的beta链基因,而alpha链则有两个等位基因可以表达。这使得beta链在TCR研究中具有独特的地位。
“bulk”方法在处理TCR数据时存在局限性,因为它无法获取关于alpha和beta链配对的信息。这一对配对真正反映了T细胞在体内的生物学功能。为了解决这个问题,科学家们采用了单细胞分析技术,该技术主要采取两种策略:一是从单细胞cDNA开始直接进行目标扩增和测序;二是从单细胞RNA-seq数据中重建TCR。
单细胞TCR测序技术的前沿中,Hans及其同事采用多重PCR策略对浸润人结肠癌的T淋巴细胞进行异质性分析。他们使用条形码技术,这是一种独特的细胞转录本标记方法,以追踪mRNA的来源。通过这种细致入微的方法,他们能够将TCR序列与具有特定功能的T细胞子集关联起来。类似的策略也被用于高通量方法中,以识别具有相同TCR序列的克隆,并在乳腺癌和肺癌的肿瘤浸润淋巴细胞研究中得到应用。
单细胞T细胞受体(TCR)测序方法的综述如图所述。在图A中,通过多重PCR富集单细胞TCR转录本并进行测序。在图B中,展示了利用微流体乳化装置捕获单个细胞,并在油包水的droplets中对TCR alpha和beta进行特异性逆转录和扩增的过程。从单细胞“全长”RNA测序(RNA-seq)数据重建TCR的过程也在图中详细解释(图C)。还展示了基于乳化剂的单细胞TCR测序和RNA-seq配对的流程(图D)。最后一种方法涉及到细胞的裂解、mRNA逆转录、cDNA扩增、TCR富集以及根据InDrop协议生成RNA-seq文库的过程(图E)。在这个过程中,“cell barcode”和UMI等独特分子标识符被用来标记和追踪细胞的转录组。通过这些前沿技术,科学家们能够更深入地了解TCR的多样性和功能,为未来的免疫疗法研究开辟新的道路。
这一革命性的TCR库分析方法为我们揭示了人体免疫系统的复杂性和奇妙性。随着技术的不断进步和研究的深入,我们有望在未来更好地理解和利用这一重要的免疫机制,为人类的健康福祉作出更大的贡献。TCR富集技术的:从巢式PCR到单细胞RNA-seq的革新路径
TCR富集的研究进入了一个崭新的阶段,得益于巢式PCR技术的突破与乳化剂PCR技术的飞跃发展。在巢式PCR的基础上,研究团队采用了特定的引物设计策略,正向引物跨越switch oligo,反向引物则锁定在α和β链的恒定区域。经过PCR产物的部分片段化,加入测序接头AD1和AD2,这一系列操作使TCR富集变得更为精确和高效。
真正的技术革新来自于基于乳化剂的PCR技术。该技术将设备泵入油状乳剂中的水中,形成一个个液滴,每个液滴都能捕获单个细胞。这些液滴与引物和PCR试剂协同工作,形成微型反应室,大幅度提升了并行处理的细胞数量,并生成具有代表性的单细胞和融合在一起的TCR基因文库。细胞裂解后,α和βTCR mRNA在每个液滴中被释放,利用多重PCR逆转录扩增技术,这些mRNA被迅速扩增。随后,通过一系列复杂的反应步骤,如重叠端退火、互补端延伸等,生成包含序列的融合片段。这些片段在含有特殊“阻断”引物的PCR中进一步扩增,确保了未被扩增的片段不会被再次扩增。
单细胞RNA-seq技术的不断进步也为TCR分析开辟了新的天地。在这一领域中,许多不同的protocol应运而生,它们在细胞分离方法、cDNA的合成和扩增以及文库制备步骤上各有特色。单细胞分离方法的高通量化,不仅提高了实验效率,而且保证了灵敏度和准确性。所有测序方案都包含了一个关键的步骤:逆转录和扩增。常用的扩增方法包括PCR或体外转录,这些方法可分为基于标记和全长cDNA测序的两组策略。
基于标记的策略在逆转录反应中引入了“细胞条形码”,大大提高了实验的通量。这种方法在库制备过程中可能会失去全长转录本的覆盖范围,并且相对于全长策略来说,其检测到的基因数量较少。相反,全长策略虽然更为昂贵和耗时,但更为敏感,能提供更为全面的信息。这一策略尤其适用于提取T细胞库和异质性信息,允许alpha和beta链序列配对,并集成clonality信息与单个T细胞的整个转录组。
对于全长策略的复杂性,研究人员不断开发新的工具来应对。这些工具结合了基于引用的组装和从头组装的方法,如TraCer等早期工具就是为了重建TCR和β链而设计的。为了验证其性能,研究人员使用各种实验方法生成单细胞RNA-seq数据,并通过实验验证识别出的克隆型。这些方法的优势在于将TCR克隆型与特定的基因表达谱相关联,为我们提供了对整个CD4+ T细胞群的详细分子描述。它们在分析T细胞亚群的异质性方面也具有巨大潜力,特别是在解决与肿瘤免疫相关的生物学问题方面。例如,在癌症研究中,CD8+ T细胞和CD4+ T调节细胞的作用已经被广泛研究,而最近的研究则进一步揭示了T细胞在肿瘤微环境中的动态变化。
从巢式PCR到单细胞RNA-seq的革新路径展示了TCR富集技术的发展。随着技术的不断进步,我们对TCR的认识也在不断深入,这将为未来的医学研究提供新的视角和思路。在持续的研究中,我们团队成功开发了scTCR Seq与TRAPes两大工具,它们特别适用于短读单细胞RNA-Seq文库以及VDJ Puzzle。这些工具不仅可以同时分析基因表达和TCR多样性,而且在抗原特异性循环CD8+ T细胞上经过了严格的开发与验证。这一创新策略将相同细胞的RNA-seq和TCR测序巧妙地结合,极大地提升了并行处理细胞数量的能力,这对于揭示稀有的T细胞群体具有至关重要的作用。
最近,Zemmour及其同事在小鼠和人类Treg细胞的T细胞库研究中取得了显著进展。他们利用先进的单细胞RNA-seq技术深入分析了Treg细胞的转录表型。研究结果显示,Treg细胞具有高度异质性,某些活跃亚群与T细胞转录紧密相关。更令人兴奋的是,具有相同TCR的Treg细胞在转录上表现出比具有不同抗原特异性的Treg细胞更为相似的特征,暗示TCR形状对Treg可塑性具有重大影响。
关于TCR指令表的分析,Zemmour团队采用了一种基于乳化剂的InDrop协议进行修改的方法。在该方法中,细胞被捕获在水滴中,并与裂解缓冲液、试剂以及条形码引物一同参与RT反应。数千个细胞的逆转录cDNAs通过液滴的破碎而汇集,随后进行体外转录线性扩增,最终制备测序文库。尽管这种池策略成倍提高了吞吐量,但牺牲了一部分mRNA 5’端的信息,包括CDR3区域。Zemmour团队通过在线性放大后引入TCR富集步骤,成功地解决了这一问题。
近期,10x基因组公司推出了一种集成α和β链测序的方法,能够并行对数千个单细胞进行转录组分析。该技术采用商业化的基于乳化剂的微流控平台,生成用于单细胞RNA-seq文库制备的扩增cDNA。通过PCR进行TCR富集,使用设计在恒定区域上的反向引物以及特殊设计的正向引物。每个寡核苷酸都携带着独特的cell barcode,用于标记整个细胞转录组,包括TCR转录本。
T细胞受体库分析已成为理解健康个体和多种病理条件下T细胞生物学的基本工具。当前,它不仅仅被应用于研究免疫介导性疾病的生物学,还被广泛应用于监测治疗后的免疫反应。而随着NGS技术的飞速发展,对成千上万个细胞的TCR进行并行测序已成为描述T细胞反应库复杂性和多样性的有力工具。尤其是单细胞技术的迅速发展和普及,解决了配对测序和测序的问题,为我们提供了更深入的体内情况理解。
现在来谈谈大家可能更熟悉的经典欧美歌曲——M2M组合的“Don't Leave Me Now”。这首歌是一首令人陶醉的流行金曲。MV中一个特别的镜头是两个女生主唱站在壮丽的山谷中高歌“啊一呀一耶”。除此之外,“蝴蝶”(Butterfly)也是该组合的经典之作。据说孙悦曾翻唱过其中文版——“大家一起来”。“Pretty Boy”同样是该女子组合的另一首深受喜爱的歌曲。
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